本田 FCX 的內飾配置相當出色。

車內采用淺色的座椅、扶手和車門內襯，顯得高雅，這些材質是使用生態材料制造，能達到類似真皮的效果。

車內沒有過多的按鈕，只有幾個簡單的儀表顯示能量消耗及剩余氫氣情況。

在 FCX Clarity 座艙內，本田首度采用植物素材，使座艙深具環保意義。

中控儀表部分除空調系統外，還引入了雙前座椅空調恒溫系統，提升乘坐舒適性。

影音系統接口豐富，整合了 DVD、杜比環繞音效、GPS、數字電視、MP3 與 FM/AM 調頻等配置，兼顧節能環保與娛樂性。

方向盤不僅整合了音響系統、藍牙通訊、ACC 及定速巡航，還新增行車線保持輔助系統等。

氫燃料系統的啟動鍵、電子煞車與儀表板旁的可控電子變速系統也是重點設計部分。

隨著燃料電池系統的導入，傳統內燃機動力的儀表設計有所改變，采用了科技感十足的儀表顯示系統，以每 10kW 為動力輸出單位，呈現電動馬達狀態。