南京二手車過戶流程如下：

首先，機動車所有人在申請轉移登記前，要處理好涉及車輛的道路交通安全違法行為和交通事故。

其次，準備相關材料：

1. 機動車所有人的身份證明。

2. 機動車所有權證和過戶證明。

3. 機動車登記證。

4. 機動車駕駛證。

5. 海關監管的機動車，需提交《中華人民共和國海關監管車輛解除監管證明》或者海關認可的轉讓證明。

6. 超過檢驗有效期的機動車，要提交機動車安全技術檢驗合格證明和交通事故責任強制保險證明。

然后，不同情況所需手續不同：

1. 私人過戶給私人：雙方身份證，雙方本人，行駛證，登記證書，交強險保單。市內過戶的買方非南京人需通過審核的南京居住證，轉到外地上牌的買方需要當地身份證（可以不到場）。

2. 私人過戶給公司：賣方身份證，賣方本人，行駛證，登記證書，交強險保單，買方公章，組織機構代碼證。

3. 公司過戶給個人：賣方公司公章，組織機構代碼證，稅務登記證書，行駛證，登記證書，交強險保單，買方身份證，買方本人。市內過戶的買方非南京人需要南京居住證。

4. 公司過戶給公司：賣方公司公章，組織機構代碼證，稅務登記證書，行駛證，登記證書，交強險保單，買方公司公章，組織機構代碼證。

接著，按流程辦理：

1. 填寫《機動車注冊、轉移、注銷登記/轉入申請表。

2. 提交現機動車所有人的身份證明原件（復印件存檔）。

3. 提供機動車所有權轉移的證明、憑證原件或者復印件。

4. 屬于海關監管的機動車，提交《中華人民共和國海關監管車輛解除監管證明書或者海關批準的轉讓證明原件。

5. 準備機動車查驗記錄表。

6. 準備行駛證和登記證書原件。

7. 交回原機動車號牌（08 年 10 月 1 日后）。

注意事項：

1. 個人買方是否是外地人，有無居住證，是否通過審核。

2. 公牌車輛的登記證書編號需要和現在三證合一的營業執照編號相符，不符需提前到車管所辦理變更手續。

3. 比對車輛與行駛證，看是否私自安裝踏板、行李架、LED 燈、前后保險杠等，若有提前拆卸。

4. 查看車輛年檢是否過期。

5. 確認車輛是否存在難處理的問題。

6. 核實車輛是否解壓，或剛剛辦理其他手續未歸檔。