長城的維護和保護工作面臨諸多挑戰。

首先是法律規范的不完善，缺乏具有針對性、明確精準且操作性強的法律規范和技術標準。這導致在修繕施工中出現標準不一、程序混亂的情況，如“最美野長城被砂漿抹平”事件。

其次，日常維護費用的保障存在困難。野長城多位于貧困山區，地方政府難以確保充足預算。

再者，長城本體及周邊環境生態的整體性保護難度極大，因其跨越時間長、地域廣，分布情況差異明顯。

另外，平衡保護與利用的關系不易，如山東的齊長城穿村而過，既要做好保護又要兼顧沿線生產生活。

還有，長城巡護與監管工作艱巨，未開放段長城常遭“驢友”攀爬損壞，且涉及跨界、跨部門管理等問題。

在數字化保護方面，技術上存在誤差控制、分辨率優化、模型修改等難題，遙感監測結果可能因自然因素有誤差，處理和解析數據對人員能力要求高。

經濟投入也是巨大挑戰，數字化保護技術的設備和維護成本高昂。

同時，社會接受度和法律法規完善方面存在問題，有人擔心數據收集侵犯隱私，且相關法律法規尚不明確，需構建合理數據管理平臺和制度。

為應對這些挑戰，需加大科研投入，發展應用新技術，建立完善數據安全管理系統，加強技術人員培訓，加強國際交流與合作。