黃燈亮起時車輛已越過停止線，正確的做法是繼續通行。

因為根據《中華人民共和國道路交通安全法實施條例》第 38 條規定，黃燈亮時，已越過停止線的車輛可以繼續通行。

黃燈是過渡信號燈，目的是清空已進入路口的車輛。這時繼續行駛不會被判定違法。

但要注意觀察前后車狀態，保持好跟車距離，用點剎方式提示后車。同時要主動降低車速，因為加速通過路口有安全隱患，可能會有突然跑出的行人、非機動車釀成事故。

如果視線被前車遮擋，可以通過輔助信號燈來預判燈控時間，提前做好啟動或停車準備。

另外要注意黃閃燈不等于黃燈，在一些特定路段遇到持續閃爍的黃燈，在確認安全后有序通過即可。

需要提醒的是，黃燈亮起越過停止線不要倒車，繼續停車等待綠燈就行，倒車可能導致后面的車輛追尾。而且不要以為黃燈只是擺設可以闖過去，現在路口電子攝像頭抓拍靈敏，闖黃燈可能會被處以 200 元罰款并扣 6 分。

總之，遇到黃燈亮起已越過停止線，在確保安全的前提下繼續通行。