MINI COOPER SE 的車身顏色有多種選擇。

入門的大玩家車型只能選擇北極熊白單一色。

次頂配的經典派以及更高一級的藝術家可以選擇全部六種顏色加黑色車頂的組合。

次頂配即唯一配備 JCW 運動套件的賽車手在前者基礎上支持更換紅色車頂。

1/65 限定版采用了英倫綠加白色車頂的顏色搭配，并提供獨特的車身拉花。

六種車身顏色分別是風云灰、北極熊白、英倫綠、班尼迪克黃、魔法藍、辣椒紅。

需要注意的是，除了入門版和 1/65 限定版之外，其余車型只標配北極熊白色加黑色車頂涂裝，其余配色均需要選裝，價格為 6000 元。