企業車輛的道路交通安全違法行為記分分值處理方式如下：

如果企業車輛違章扣分未滿 12 分，應由違章駕駛人攜帶駕駛證、行駛證等證件到交通管理部門繳納罰款。已繳納罰款的，記分予以清除；雖未達 12 分但有罰款未繳的，記分轉入下一記分周期。

若駕駛證違章記分達到 12 分，駕駛人應在 15 日內到機動車駕駛證核發地或違法行為地公安機關交通管理部門參加為期 7 日的道路交通安全法律法規及相關知識學習。學習后，車輛管理所在 20 日內進行考試，合格的記分清除并發還駕駛證；不合格繼續學習和考試。

一個記分周期內記分達到 2 次以上且達 12 分，或累計記分達 24 分以上的，除上述操作外，還應在道路交通安全法律法規及相關知識考試合格后 10 日內參加道路駕駛技能考試。

如果能夠確定是企業內部特定員工駕駛車輛違章，應由該員工負責處理違章。若無法確定具體駕駛人或者企業有相關規定統一處理違章，企業可以安排專人負責，但扣分仍需使用駕駛人的駕駛證，且要在其同意的情況下進行處理。

處理時要準備好違章當事人的駕駛證、車輛行駛證、公司開具的紙質委托書及公司營業執照復印件等材料，并蓋上公司公章，然后到當地交警大隊排隊辦理，等待審核后簽處罰決定書，最后通過掃描付款碼或銀行卡繳納罰款。需注意繳納罰款期限為收到處罰決定書后 15 天，逾期會產生滯納金。