水泡車的發動機容易出現故障。

發動機進氣口被淹，水進入氣缸會形成氣水混合物，水無法壓縮，曲軸推動連桿時，水作用下連桿彎曲。車主此時熄火又強行發動，巨大反作用力會致彎曲連桿摩擦缸體，發動機缸體頂部斷裂，維修費用高昂。

發動機進水分兩種情況，微量水汽與汽油混合會致動力下降，水汽蒸發可消除；大量水進入燃燒室內，因水無法壓縮，活塞連桿變形造成頂缸，發動機熄火。

水還會順活塞環進入潤滑系統，致機油變質，影響潤滑，活塞連桿變形致發動機運轉不穩，嚴重會折斷或頂穿活塞本體，致發動機報廢。

輕微連桿變形可換活塞連桿和活塞，保險辦法是連缸體一起換，大修發動機；嚴重得換新發動機。就算更換發動機，后期也會有各種問題。

有人未確認發動機是否進水就強行啟動，若發動機已進水，會使連桿嚴重變形，保險公司通常拒賠。

大眾途銳進氣管路設計有缺陷，雨水流入進氣道，排水閥被污物堵，導致雨水被吸入發動機，造成行駛中熄火，帶來極大安全隱患。