本田 S2000 的改裝潛力非常大。

動力方面，有的車主會移植本田 NSX-R 所搭載的 C32B V6 發動機，通過六喉直吸、Haltech ECU 調教等手段，配合 6 速序列波箱、雙離合傳動，能讓最大馬力達到 450 匹、最大 40 公斤米。也有人選擇機械增壓來提升動力。

底盤改裝可以更換美國改裝品牌 Function & Form 的 Type II 絞牙避震，配合 SPC 可調傾角連接座調整車輛傾角，修正懸掛幾何。

外觀改裝有很多選擇，比如 M&M Racing 打造的寬體套件、新的車漆、更大尺寸的 SSR 輪圈等。

車內能改裝 EVO-R 儀表盤套件、Science of Speed 快速換擋按鈕、Z.S.S. Racing Division 碳纖維方向盤等。

本田的御用改裝品牌 Spoon Sports 會為 S2000 提供包括 ECU 以及排氣系統改裝在內的多種改裝服務，還會對發動機進行整體升級，安裝序列號名牌，提供大面積節氣門、碳纖維風箱、碳纖維空氣導管等升級選項，也有外形改裝套件。

另外，AIRBFT 氣動避震系統能讓車身呈現超低姿態，提升操控性和視覺效果。

總之，本田 S2000 無論是動力、底盤、外觀還是內飾，都有很大的改裝空間，能滿足車主的各種需求和喜好。