不同車型的水箱清洗方法不完全一樣。

清洗水箱一般要準備漏斗、容器、橡膠管或塑料管、扳手、清洗液等。先關閉發動機，確保車輛冷卻，鑰匙轉到“OFF”位置等幾分鐘。接著放干冷卻液，打開水箱冷卻液排放塞讓其流入容器，流干后關閉排放塞。

然后清洗水箱，把漏斗放水箱上方，管子連接漏斗，容器裝清洗液，倒入后用扳手開水箱蓋，插入管子讓清洗液流入，直到水變清，這過程約 15 - 30 分鐘。水變清后排干清洗液，重新加滿新冷卻液，液位在最低和最高標記間，擰緊排放塞。最后啟動發動機運行幾分鐘測試。

手動清洗法要拆卸水箱，用工具除垢，效率低、勞動強度大，易傷水箱。普通水垢清洗劑要拆卸水箱，不徹底、有異味、有腐蝕性，會讓水箱老化。專業清洗劑無需拆卸和停機，倒入汽車水循環系統浸泡 20 - 30 分鐘排出，再用水沖洗能除水垢、鐵銹等。

清洗還需準備漏斗、容器、橡膠手套、塑料布或報紙、洗滌劑。先關發動機，確保車輛安全。排放冷卻液，打開水箱蓋讓其流出用容器接。倒入冷卻液加洗滌劑，開引擎運行幾分鐘再關等沉淀。更換冷卻液排空舊的加新的，檢查液位。沖洗水箱排空加清水開引擎運行再靜置。再次更換冷卻液檢查液位。清理現場收拾工具和泄漏液。

水箱和冷凝器疊加，后面有電子風扇，散熱器表面細，久了灰塵、柳絮會堆積，風量和熱交換效率差。外表面灰塵徹底清潔麻煩。水箱清洗指清洗散熱器外部，車長時間運行，雜質會堵塞，需清洗。

理論上水箱管路不應有水垢，因防凍液用蒸餾水或去離子水，但有人用原水補防凍液會產生水垢，用白醋或蘇打水可溶解。嚴重時水溫高會“開鍋”，夏天空調冷卻效果可能變差。

清洗周期沒固定的，水箱外雜物多或汽車有空調不良、發動機過熱等情況就可清洗。清洗要把水箱與冷凝器分開，用小刷子或高壓氣槍除污垢，清水沖表面，別損壞鋁板和水管。不建議自己清洗，拆卸麻煩，修理店可能偷懶，花錢徹底清洗要親自到場。