S2000 的燃油經濟性整體表現不算特別出色，但對于一款高性能跑車來說，在可接受范圍內。

不同版本和駕駛條件下，油耗有所差異。AP1 版本市區油耗約 13.7L/100km，高速為 8.0L/100km，綜合為 10.0L/100km。

S2000 Type S 版本，有車主用 20 升左右汽油跑完約 200 公里長駕駛路線，油耗比預想低不少。

本田 S2000 的 VTEC 可變氣門升程技術，在日常駕駛的常規模式下通過短進氣時長保證了一定燃油經濟性。

2004 年中期改款時，美國版本發動機更換為 F22C1，排量增大 160cc，最大扭矩增大 6%，達到 220 牛米，但紅線轉速降低到 8000 轉，最大馬力保持不變，升功率有所降低。

變速箱方面，AP2 版本降低了轉速，帶來更好低轉扭力，5、6 擋齒比被減小，犧牲高檔位加速度來提高巡航燃油經濟性。

在日本市場，2006 年起針對本土的 AP2 上市，本土的 F22C 因油品質量優勢各方面略勝一籌。

總的來說，S2000 的燃油經濟性雖不是優勢，但對于追求高性能駕駛體驗的車主而言是可以接受的。