汽車電子系統故障診斷的特殊方法主要有以下這些：

直觀診斷法：通過觀察冒煙、火花、異響、燒焦味、溫度高等異常現象，或用簡單工具，憑借感覺和經驗來判斷故障。比如車輛某元件冒煙，可能就存在故障。

開路法：當電路設備發生接地短路故障時，斷開懷疑有接地故障的電路段，觀察電氣設備情況，以判斷接地位置和原因。像門燈一直亮，可能是門燈開關電路接地有問題，就可用此方法診斷。

短路法：針對斷路故障，用螺絲刀或導線將懷疑斷路的電路短路，根據儀表指針變化或電氣設備工作狀況判斷是否斷路。比如剎車燈不亮，可用螺絲刀連接剎車燈開關的兩個支柱來檢查。

測試燈法：用汽車燈泡作測試燈，一端連接電路端子，一端接地，燈亮電路正常，不亮則存在斷路故障。例如測試交流發電機是否發電。

儀表法：觀察汽車儀表板上的電流表、水溫表、燃油表、機油壓力表等的指示，判斷電路是否有故障。比如發動機冷態時，水溫表指示異常，可能是水溫表傳感器或線路有問題。

ECU故障碼提示法：現代汽車電控系統的ECU有故障自診斷功能，可獲取故障碼，但需注意不同車型故障碼含義不同，不能僅依靠故障碼判斷，還需結合其他方法。

抽線排查法：部分故障出現在不易看見的地方，可用小夾鉗抽動線束試車，找出斷路線路。

振動排查法：汽車行駛振動時出現毛病，可對連接器、配線、傳感器、執行器等進行振動試驗，檢查故障。

試燈檢測法：有12V測試燈和自帶電源測試燈，可用于檢查系統電源電路是否給電氣部件供電，實用簡單。

高壓試火法：判斷點火電路工作是否正常。

測量電阻法：能檢測電路中的電阻情況。

數據流與波形分析法：數據流能對比正常和故障時的數據，找出故障原因；波形分析能捕捉故障中的微小變化。

車用儀表檢查法：利用汽車上的專用電壓表、電流表等檢查故障。

專用儀器測量法：使用檢查電噴系統、發動機電控系統等的專用儀器，能準確判斷故障。