16年的奧迪A3手動擋和自動擋價格存在差別。一般來說，自動擋車型通常比手動擋車型貴，這是因為自動擋車型的技術含量與制造成本相對較高。不過，二手車價格受多種因素制約，配置高低、車況好壞、行駛里程長短、顏色是否常見、市場供需情況等都會使價格產生波動。不同車型版本的價格也各有不同，具體還需綜合多方面因素來評估。

從配置角度看，高配的自動擋車型價格往往比低配手動擋高出不少。比如1.4T自動風尚型這類高配自動擋，憑借豐富的配置，在二手市場上能賣出較高價格；而最低配1.4T手動擋，因配置相對基礎，價格自然低些。

車況對價格的影響也不容小覷。一輛車況良好的自動擋奧迪A3，即便車齡稍長，也能維持不錯的價格；若手動擋車型存在明顯的事故痕跡、機械故障等問題，價格就會大打折扣。即使原本自動擋價格高于手動擋，但車況較差的自動擋，可能在價格上與車況好的手動擋相差無幾。

行駛里程也是關鍵因素。行駛里程較低的車輛，無論手動擋還是自動擋，都更受市場青睞。假設一輛行駛里程少的自動擋A3和一輛里程數(shù)高的手動擋A3相比，前者價格可能遠超后者。不過，要是手動擋行駛里程極低，而自動擋里程數(shù)多，價格差距也會相應縮小。

車輛顏色同樣會影響價格。常見的黑色、白色和灰色車輛相對保值，若自動擋是這些顏色，價格會相對穩(wěn)定；若手動擋是個性化顏色，價格可能稍低。

此外，不同地區(qū)的價格差異也較為顯著。在一線城市，因消費能力強、市場需求大，16年奧迪A3的自動擋和手動擋價格普遍較高；而在一些中小城市，價格則相對較低。

總之，16年奧迪A3手動擋和自動擋價格存在差別，但具體價格要綜合配置、車況、里程、顏色、地區(qū)等多方面因素考量，不能簡單判定自動擋一定比手動擋貴很多，每輛車都有其獨特的價格定位 。