線上申請機動車年檢不通過常見原因有：

材料方面，未帶齊機動車行駛證、辦理人身份證（他人辦理需代理人身份證）、有效期內交強險保單（無需紙質）、單位車輛還需送檢人身份證和行駛證原件。

流程方面，未按規定流程繳費、登錄信息、檢查外觀和發動機號、完成制動等系統檢測等。

年檢不達標情況包括剎車系統問題，如剎車片磨損、手剎故障；車輛外觀不符合要求，如車身顏色改變未備案、車身廣告面積過大、有明顯改裝、車身破損變形；車輛燈光不達標，如亮度不夠、照明信號燈具損壞、私自改裝大燈；汽車尾氣不合格，老舊車輛尤其需注意；未清理玻璃車貼等雜物，阻擋駕駛員視線；未備齊滅火器、三角警示牌；貼膜顏色太深；有違章未處理。

此外，網絡問題、系統故障、操作錯誤、信息填寫錯誤、未滿足條件等也會導致線上申請機動車年檢不通過。